La princesa Rosalina , madre adoptiva de los Lumas que viven en el Observatorio Cometa, es secuestrada por Bowser Jr. , quien planea absorber su poder para crear vida y alimentar un cañón destructor del universo en honor a su padre, Bowser , quien fue derrotado por Mario y Luigi y encogido por la princesa Peach . [ a ] Rosalina envía un Luma al Reino Champiñón, donde recluta a Peach y Toad para que la ayuden. Mario y Luigi son llamados a investigar un disturbio en Pueblo Tostarena , donde descubren y se hacen amigos del dinosaurio Yoshi , quien había nacido en Brooklyn y fue perseguido hasta su mundo natal después de romper un esqueleto de dinosaurio en un museo. En ausencia de Peach y Toad, Mario, Luigi y Yoshi intervienen para proteger el Reino Champiñón e intentar rehabilitar a Bowser.

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